本院於民國八十三年成立，現有生命科學系(學士班、碩士班、博士班)、分子生物學研究所(碩士班、博士班)、生物化學研究所(碩士班、博士班)、生物醫學研究所(碩士班、博士班)、 基因體暨生物資訊學研究所、醫學生物科技博士學位學程、轉譯醫學博士學位學程、生技產業創新研發與管理博士學位學程以及碩士在職專班，榮興轉譯醫學研究中心、全球變遷生物學研究中心等二個附屬單位。

• 1994年 由理學院原有之植物學系、分子生物學研究所及動物學系合併設立本院；分子生物學研究所成立博士班
• 1996年 生物化學研究所成立碩士班
• 1999年 生物化學研究所成立博士班、成立生命科學院碩士在職專班
• 2001年 生物醫學研究所成立碩士班
• 2002年 植物學系(成立於民國45年)、動物學系(成立於民國83年)整合成一嶄新的(生命科學系所)
• 2006年 生物醫學研究所成立博士班、醫學科技研究所成立碩士班
• 2008年 生物資訊研究所成立碩士班
• 2009年 生物醫學研究所與醫學科技研究所合併為生物醫學研究所，生物資訊研究所更名為基因體暨生物資訊學研究所
• 2012年 榮興轉譯醫學研究中心、全球變遷生物學研究中心成立
• 2013年 醫學生物科技博士學位學程成立
• 2014年 轉譯醫學博士學位學程成立
• 2018年 教育部核定榮興轉譯醫學研究中心自2月1日隸屬本院附屬單位
• 2018年 教育部核定全球變遷生物學研究中心自8月1日隸屬本院附屬單位
• 2018年 生醫產業研發中心成立
• 2023年 生技產業創新研發與管理博士學位學程成立
• 2024年 精準健康碩士學位學程成立
• 2025年 植物暨微生物國際碩士學位學程成立
• 2025年 跨域創新生技國際博士學位學程成立