中興大學生物化學研究所隸屬於生命科學院，於民國八十五年成立碩士班，民國八十八年成立博士班，並於民國九十年規劃完成結構生物及生物化學等兩個重點方向，目前已為一設計完備之獨立研究所。

本所位於生命科學院大樓八樓及十二樓，共有約八百坪的空間，足以提供每位專任教授及許多碩士、博士班學生進行研究、教學、及公共儀器之操作。本所目前有專任教授八名，研究領域涵蓋：生化大分子複製、轉譯、轉錄、分泌等機制；致癌機制；微生物結構基因體學。